以下为爱大制药下属控股公司简要介绍，详情请点击各公司名称，链接至该公司网站查阅。
为公司控股66％的子公司，总经理葛啸虎先生。主要生产硫酸依替米星原料药及其水针剂(创成)等产品。随着两个生物制药技改项目即将建成投产，方圆公司将成为出口欧美国家的生产基地；专供孕妇和素食者使用的保健品，也将成为新的亮点。
为公司控股60.61％的子公司，总经理李克敏先生。主要生产爱益(硫酸依替米星氯化钠注射液)、爱兴(盐酸左氧氟沙星氯化钠注射液)等产品。占地150亩的海南爱科医药生物园已奠基建设，该项目被认定为海口市重点科技项目，建成后利用海南丰富的热带中草药资源，发展生产心血管药物；通过增资扩股，实行科、工、贸结合，建成覆盖全国乡镇以上的市场营销网络。
上海恰尔生物技术有限公司是一家新兴的生物医药高科技企业，成立于2001年6月，落户上海张江高科技园区。凭借人才、产品、技术、管理、文化的创新机制，借助国家对创新研究的大力支持，以及与知名大学如华东理工大学、第二军医大学等紧密型科研合作的资源优势，公司形成了一个以国内外从事基因工程制药研发的资深专家和具有丰富研发经验的科技人员为主体的研发团队，同时培育了一支具有高度的敬业精神、高素质、高凝聚力的管理团队，以国家863项目——国家级Ⅰ类新药重组人凋亡素2配体（rh-Apo2L）为核心产品进行研发和运营，目前该产品已初步完成Ⅱ期临床研究，并进入Ⅲ期临床研究和产业化阶段。六年的成长，公司已成为BT行业中具有显著特色、专业、现代化的创新成长型高新技术企业。
江苏省微生物研究所创建于1978年，是一个从事生物医药、工业微生物和农业微生物等相关领域的科研、开发、生产、销售和咨询服务的综合性应用开发型研究所，2003年10月经省政府批准，改制为有限责任公司，并于2005年8月获批为省级高新技术企业。公司位于美丽的太湖之滨江苏无锡梅园旁，占地16000多平方米，环境优雅、交通便利。现有员工75人，其中高中级职称以上人员占56％。江苏省微生物制药工程技术研究中心、江苏省食用菌协会、江苏省食用菌菌种中心等机构均设在公司内。
建所30年来先后承担和完成了各类国家重点科研项目20多项及200多项省市各类研究课题，取得了一批在国内有较大影响科研成果，其中国家一类新药“硫酸依替米星”获国家科技进步二等奖、江苏省科技进步一等奖和国家医药管理局新药研制一等奖，新型微生态制剂药物“双歧三联活菌胶囊”获上海市科技进步一等奖。拥有20多项专利成果，其中国际发明专利5项。